인제의대는 일본 각 지역의 의대와 다양한 프로그램을 통해 지속적으로 학생 교류를 이어가고 있다. 2007년 일본 국립 Kyushu 의대와 학술교류협정을 체결하여 매년 Kyushu 의대 해부학교실 및 규슈의대 부속병원에 해부실습생들이 참가하고 있다. 또한 Kyushu 의대생도 본교의 문제바탕학습(PBL) 과정 및 학생인턴실습에 참가하는 등 활발한 교류를 해오고 있다.

2008년에는 일본 Chiba 의대와 의학연구 교류를 시작하여 2011년부터는 매년 의학교육 공동 세미나를 개최하였으며, 2013년부터는 문제바탕학습(PBL) 및 임상실습 과정에 학생교류를 해오고 있다. 2015년 5월 14일에는 '역량을 갖춘 의사 양성을 위한 의학교육 혁신'이라는 주제로 일본 Chiba 의대(千葉大學 醫學部)와 공동으로 의학교육 국제 심포지엄을 개최하였다.

2015년 11월에는 일본 Juntendo 의대와 양교 간 학생 교류 및 교수 교류를 위한 협정을 체결하였다. 인제의대 이종태 학장을 비롯하여 문영수 교수, 석대현 교수, 김무성 교수는 일본 Juntendo 의대의 Hajime Arai 학장 및 Yoko Takeda 교수, Hiroshi Nin 교수, Yoko Okita 교수, Takehiko Yokomizo 교수와 함께 학생 교류를 위한 세부 의견을 나누었다.

이에 인제의대와 Juntendo 의대는 양교의 PBL, 임상실습, 기초의학 연구세미나에 학생들이 참여하도록 하고 추후 상호학점 인정 방안도 검토할 계획이다. 이처럼 인제의대는 국제교류를 통하여 학생들의 다양한 경험 제공 및 연구활동을 할수 있도록 프로그램을 운영하고 있으며, 공동 교육 협력 프로그램 개발 및 연구에도 노력을 기울이고 있다.